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根据《国家税务总局关于铁路运费进项税额抵扣有关问题的通知》(国税发〔2000〕14号)规定，增值税一般纳税人购进或销售货物(固定资产除外)支付的铁路运输费用，允许扣除的范围限于铁路运输部门开具的货运票据上注明的以下项目：运输作业费用(即发货运费和作业运费)、铁路建设基金、临时铁路运费和新线运费。
根据上述规定，你公司发出货物取得的铁路部门铁路提单所列明细费用项目中，允许将运费和铁路基金按7%的扣除率从进项税额中扣除。因此，对于《中国铁路小件货物快运运单》所列的铁路快件的包干费、超重费、到达运费、中转运费，增值税一般纳税人购进或者销售货物取得的，可以按照7%的扣除率抵扣进项税额。
扩展信息：
进项税抵扣注意事项：
1.无论纳税人是一般纳税人还是小规模纳税人，只有一般纳税人才能抵扣进项税。
2.纳税人采用一般计税方法、简易计税方法或两者兼有。所有适用简易计税方法的一般纳税人都不能抵扣进项税额，只有采用一般计税方法或两者都采用的一般纳税人才能按照规定抵扣进项税额。
3.符合抵扣条件的一般纳税人，只有取得符合抵扣条件的增值税抵扣凭证，才能抵扣进项税额。目前，增值税抵扣凭证包括增值税专用发票(含税控机动车销售统一发票)、海关进口增值税专用缴款书、农产品收购发票、农产品销售发票、完税凭证、路桥及大门通行费发票。
4.检查扣税凭证票面是否符合开具要求，如发票专用章不规范、备注栏不符合规定、纳税人姓名、税号等要素不规范等。
5.以上均符合规定的，其用途不符合有关规定的进项税额不得抵扣。比如用于集体福利、个人消费、简单税目、免税项目、购买贷款服务、餐饮服务等。
来源：搜狗百科-运输发票
来源：搜狗百科-进项税抵扣
来源：搜狗百科-铁路
参考来源：搜狗百科-国家税务总局关于铁路货运进项税抵扣的补充。
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