在对西尼罗河病毒的400多个不同基因组进行测序后，一名NAU科学家发现了位于科科尼诺县的两份西尼罗河病毒报告来自两个不同的地方。一个人从凤凰城地区向北迁移。另一个更像是个谜。
首先从整个美国西部的样本到达进化生物学家Crystal Hepp的实验室，该实验室与北亚利桑那大学信息学，计算机和网络系统学院(SICCS)以及病原微生物学研究所(PMI)一起工作。她与整个西部的十几个不同的公共卫生部门合作。他们向她发送了在其所在地区发现的西尼罗河(WNV)样本，她的团队对病毒基因组进行了测序并分析了数据，以重建每个样本的家谱，这使她能够确定病毒如何随时间推移以及在整个区域内传播。
在这种情况下，科科尼诺县卫生部门向她发送了两个样本，一个是在玛丽湖的蚊子中发现的，另一个是在柴郡地区，两个都是在8月下旬发现的。赫普对病毒株的基因组进行了测序，并将其与她从其他地区测序的病毒株进行了比较，发现这两种病毒株并非由病毒的局部传播所致，这意味着它们并未在禽类和蚊子之间传播。县。柴郡(Cheshire)菌株与马里科帕县(Maricopa County)传播的菌株密切相关，而玛丽湖(Lake Mary)菌株与其团队在2018年从蒙大拿州测序的菌株最密切相关，尽管玛丽湖(Lake Mary)菌株显示出与蒙大拿州菌株不同的几种突变。
赫普说，这是出乎意料的。对于科科尼诺县来说，这也是一件好事。
我们通常认为最简单的答案就是最可能的答案。如果这两个仅相距10英里的菌株是由于同一进口事件造成的，那将是有道理的。从公共卫生的角度来看，发现这两种菌株来自两个不同的地方是个好消息。如果它们密切相关，则意味着西尼罗河病毒可能在科科尼诺县10英里内穿过鸟类和蚊子。我们希望这两个单独的介绍只是在发现的非常本地化的地理位置骑自行车，而不是跨越10英里，并且它们会逐渐消失。
赫普的实验室是努力更好地了解西尼罗河病毒如何在美国西南部传播的领导者。她的公共卫生伙伴进行了初步诊断，然后向她发送毒株以确定该病毒是否起源。了解并绘制这些数据可以帮助政府更好地预测和准备西尼罗河在其所在地区的可能性。这些合作伙伴包括：
马里科帕县环保服务媒介控制司
亚利桑那州卫生服务部
尤马县灭虫区
Coachella谷区矢量控制
西南灭蚊与控制区
犹他州卫生署
华盛顿州卫生部
蒙大拿州公共卫生与公共服务部
科科尼诺县卫生局
内华达州南部卫生区
这项研究包括本科生Daryn Erickson，Breezy Brock，Samuel Poidmore和Majesty Greer-Gipson，研究专家Jill Cocking，研究生Chase Ridenour，Krystal Sheridan和Heidie O'Neill(来自PMI测序核心)以及Darrin Lemmer，Mike Valentine和来自转化基因组学研究所的Dave Engelthaler。
赫普说：“我们对了解西南部传播的菌株之间的连通性非常感兴趣。” “例如，这使我们能够确定马里科帕县的西尼罗河病毒情势是在其他西南地区。来自马里科帕县的西尼罗河病毒在过去还蔓延到犹他州华盛顿县，加利福尼亚河滨县和亚利桑那州尤马县，我们希望继续采用一种预测模型，该模型可以根据历史模式和环境数据为各县提供风险信息。”
自2010年以来，科科尼诺县未报告西尼罗河地区的人类病例。
西尼罗河是该州最常见的蚊媒疾病，尽管其程度难以衡量，因为只有大约20%的感染者甚至意识到自己生病了。大多数确实出现症状的人都感觉自己得了流感，但感染的人中约有150人中有1人患有严重的疾病，例如脑炎或脑膜炎，可能致命。
2018年，赫普获得了亚利桑那州生物医学研究中心的赠款，用于调查该州西尼罗河的流通和源头位置。